Latvijas Universitātes Pedagoģijas, psiholoģijas un mākslas fakultātes asociētā profesore, Mākslas un tehnoloģiju nodaļas vadītāja
LU PPMF par docētāju strādā kopš 1989. gada (asociētā profesore – kopš 2016. gada). Papildus tam desmit gadus strādājusi mazākumtautību ģimnāzijā par kultūras vēstures skolotāju. Kopš 2018. gada ir PPMF Mākslas un tehnoloģiju nodaļas vadītāja, studiju virziena “Mākslas” studiju padomes vadītāja. Izveidojusi un vadījusi vairākas PBSP “Skolotājs” apakšprogrammas – “Mākslas vēstures skolotājs”, “Kultūras vēstures skolotājs”, “Kulturoloģijas skolotājs” un “Mācību jomas Kultūras izpratne un pašizpausme mākslā skolotājs”. Ir izveidojusi un docē mākslas un kultūras teorijas studiju kursus, vada metodikas kursus un pedagoģiskās prakses.
Austra Avotiņa pārstāv Latvijas Universitāti Eiropas mākslas un kultūras izglītības observatoriju tīklā pie UNESCO (ENO). Viņa ir dalībniece Starptautiskajā apvienībā “Izglītība caur mākslu” (InSEA), Eiropas Vizuālizpratnes tīklojumā (ENViL), izveidojusi un vadījusi projektu un starptautiskas konferences “Vizuālizpratnes nedēļa Latvijas Universitātē”, kas notiek regulāri no 2016. gada.
Kopš 2016. gada piedalījusies skolēnu ZPD konsultēšanā, Rīgas reģiona un Valsts mēroga olimpiādēs un konkursos, bijusi žūrijas komisijas priekšsēdētāja Latvijas skaistāko grāmatu konkursā “Zelta Ābele” un starptautisko žūriju dalībniece Tallinas bērnu grāmatu ilustrāciju triennālē un Bratislavas ilustrāciju biennālē.
Piedalījusies LU PPMF, Daugavpils Universitātes un Rēzeknes Tehnoloģiju akadēmijas docētāju radošo darbu izstādēs. Mācību grāmatu un monogrāfiju autore, publicējusi rakstus par mākslas, izglītības un kultūras vēstures aspektiem, tai skaitā deviņas mācību grāmatas un metodiskos līdzekļus. Sadarbībā ar apgādiem “Jānis Roze” un “Zvaigzne ABC” tulkojusi un rediģējusi grāmatas. Bijusi žurnāla “Iespiedgrafika” dibinātāja (sadarbībā ar Ievu Bečeri) un redaktore (1998–2018), kurā publicēti vairāk nekā 160 viņas raksti par iespiedgrafikas vēsturi, recenzijas un intervijas ar grafikas dizaineriem.